kylin-ubuntu安装R语言和Rstudio

Heaven Zone | 2017-09-23  |  R / rstudio / ubuntu

前言

在本文你将会了解到在ubuntu打造R语言开发环境的方法

主要使用的软件如下:

修改kylin-ubuntu的安装源

中途输了一条这样的代码不知道有没有用

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 8D5A09DC9B929006

修改sudo vim /etc/apt/sources.list

把麒麟那几行用#注释掉

# deb file:///media/kylin/Kylin-4.0.2 juniper main
# deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ main univer multivers restricted
# deb http://archive.kylinos.cn/yhkylin/ juniper main restricted universe multiverse


deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-security main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-updates main restricted universe multiverse
deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-backports main restricted universe multiverse

# 源码
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty main restricted universe multiverse
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-security main restricted universe multiverse
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ zesty-backports main restricted universe multiverse

deb http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu/ trusty-backports main restricted universe
# rstudio源
deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu zesty/

然后输入下面代码更新软件列表

sudo apt-get update

安装yong输入法

搜狗输入法很好,终于有大linux系统版本了,可是在这里我们要使用Rstudio,基于Rstudio对fcitx输入法支持不是很友好,我们只好选择ibus输入法吧,非常幸运,我最喜欢的linux输入法小小输入法:yong可以完美嵌入ibus,如果你坚持要使用fcitx输入法,可以参考下面链接,看看有没有帮助,我尝试过,貌似没有成功-_-!

安装iBus框架

在终端输入以下命令安装ibus:

sudo apt-get install ibus ibus-clutter ibus-gtk ibus-gtk3 ibus-qt4

卸载fcitx

sudo apt-get remove fcitx

听说这里先安装ibus,再卸载fcitx,这个先后顺序是有必要的,否则会导致系统无法启动,幸好,我当时的安装顺序就是这个顺序,因此也没有遇到该问题。

安装yong小小输入法

参考官网说明:点这里

打开下载文件夹,双击文件yong-lin-2.4.0-0.7z,然后像windows下面操作一样把它解压到当前文件夹就可以了,然后执行以下命令:

cd ~/下载/yong
# 下面这句可不输入,如果yong-tool.sh没有可执行权限才运行这条语句
chmod a+x yong-tool.sh 
sudo ./yong-tool.sh –install64

可以下载一个ChmSee软件来查看压缩包里面的帮助文档yong.chm,先安装一些依赖包:

sudo apt-get install libc6 libchm1 libgdk-pixbuf2.0-0 libpango1.0-0
sudo apt-get install libglib2.0-0 libgtk2.0-0 libwebkitgtk-1.0-0 libxml2

下载libgcrypt11,点这里下载

下载chmsee,点此下载

输入下面代码手动安装:

sudo dpkg -i libgcrypt11_1.5.3-2ubuntu4.4_amd64.deb 
sudo dpkg -i chmsee_1.3.0-2ubuntu2_amd64.deb

ibus配置添加yong

配置步骤:首选项->输入法->添加->汉语->Yong->添加,搞定。

切换输入法快捷键:首选项->常规->下一输入法->...,点这三个点进去设置自己舒服的快捷键吧,忘了默认快捷键是什么了,反正我用的是Ctrl + Space

简单配置一下yong小小输入法

修改文件~/.yong/yong.ini

[IM]
default=6
# 这里改为6,使用拼音输入法

另外在设置里面设置一下翻页键为, .

安装R语言和Rstudio

安装R

sudo apt-get install r-base

安装Rstudio

安装R一句话就搞掂,貌似Rstudio并没有那么容易。

添加rstudio安装源

实际上在上面步骤已经添加这个了,可以不需要做下面这行代码

# sudo echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu zesty/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list

导入密钥

实际上我还没弄懂后面那个key是怎么来的

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

安装Rstudio

先安装gdebi-core

sudo apt-get install gdebi-core

然后下载Rstudio,我下载的是rstudio-xenial-1.1.375-amd64.deb,这是到目前为止最新的测试版,有一些新特性,很不错,该文件下载下来在~/下载文件夹,输入下面命令安装:

cd ~/下载
sudo gdebi -n rstudio-xenial-1.1.375-amd64.deb

简单配置rstudio

下面再对Rstudio做一些简单配置:

安装R的常用包

安装r的Cairo包前先在ubuntu终端安装两个库文件

sudo apt-get install libcairo2-dev libxt-dev

然后在rstudio安装Cairo包,下面代码在Rstudio的R命令行输入:

install.packages("Cairo")

安装XML包前,现在ubuntu安装libxml2-dev

sudo apt-get install libxml2-dev

然后在rstudio安装XML包,下面代码在Rstudio的R命令行输入:

install.packages("XML")

再安装一些经常用到的R包

install.packages("formatR")
install.packages("openxlsx")
install.packages("ggplot2")
install.packages("reshape2")
install.packages("bookdown")
install.packages("blogdown")
install.packages("rticles")
install.packages("bookdownplus")
install.packages("RSQLite")
install.packages("stringr")

安装texlive2017

下载texlive2017的iso,在win10里面解压了(当然也可以在ubuntu下下载texlive然后解压),放进了u盘,把u盘插进麒麟系统,自动识别到了,终端进入u盘的texlive目录,输入sudo ./install-tl,不能启动安装。

该文件没有执行权限,输入chmod a+x ./install-tl尝试修改权限,未果,可能对u盘没有写权限。

查看install-tl,是个perl文档,那么就直接输入sudo perl install-tl --gui吧,发现出现Cannot load Tk, maybe something is missing错误,于是就要先安装perl-tk,于是就可以正常启动图形安装界面了,不修改安装选项,直接默认安装了(其实虽然出现错误提示,未能启动gui安装界面,但是也会在终端里面进入命令行的安装界面,应该按i就可以安装了,不过没试)。

安装pandoc

安装pandoc,这个是在生成各种文件时会用到的,尤其是转换成pdf文件时。

sudo apt-get install pandoc
sudo apt-get install libdigest-perl-md5-perl perl-tk
sudo perl ./install-tl

添加texlive环境变量

安装好texlive2017后,尝试knitr一个rmarkdown到pdf,提示错误:pandoc: xelatex not found. xelatex is needed for pdf output.,用pdflatex的时候也是出现错误pandoc: pdflatex not found. pdflatex is needed for pdf output.,估计是还没设置texlive的环境变量。

打开~/.bashrc添加下面环境变量:

# TeX Live 2017
export MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/texlive/2017/texmf-dist/doc/man
export INFOPATH=${INFOPATH}:/usr/local/texlive/2017/texmf-dist/doc/info
export PATH=${PATH}:/usr/local/texlive/2017/bin/x86_64-linux

添加了上面的环境变量,在rstudio里面还是生成不了pdf文件,还是提示找不到xelatex或者pdflatex,在百度上基本找不到相关的文章,幸好找到一篇stackoverflow的文章,点这里: 《Add TeX path to R Studio - Ubuntu》

以下在rstudio操作:

> Sys.which("xelatex")
xelatex 
     "" 
> Sys.which("pdflatex")
pdflatex 
      "" 
> Sys.getenv("PATH")
[1] "/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games"
> 

可见texlive的相关目录并没有出现在R的环境变量PATH里面(会不会是因为先安装Rstudio然后再安装texlive造成的呢?),rstudio就找不到xelatex和pdflatex,我已经在ubuntu终端测试了xelatex可以用,texlive2017安装没有问题。

最后发现/etc/environment文件和Sys.getenv("PATH")的输出是一样的,于是在/etc/environment文件内容PATH变量后面括号内添加以下代码:

:/usr/local/texlive/2017/bin/x86_64-linux

添加后,我输入source /etc/environment后,我重启Rstudio,输入Sys.getenv("PATH"),并没有显示添加后的代码,不过好在我重启ubuntu系统后,预期出现了添加的代码,并可以正常生成pdf文件了。

其实在修改/etc/environment之前,我是修改Rprofile.site文件来处理这个问题的,下面介绍一下修改Rprofile.site文件。

修改Rprofile.site文件

这个步骤不是必须,但是了解Rprofile.site文件对使用Rstudio有很多好处,下面简单介绍。

这里主要参考了这两个链接:

下面在rstudio里面添加texlive的环境变量:

输入sudo gedit /usr/lib/R/etc/Rprofile.site修改Rprofile.site文件,我把下面语句添加到了First函数里面,当然放在外面应该也是可以的。

# 这一句是处理上一小节的问题的,这里可以不添加的
Sys.setenv(PATH=paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/local/texlive/2017/bin/x86_64-linux",sep=":"))

# 设置locale语言,设置成英语的好处是避免一些错误提示乱码
Sys.setlocale("LC_ALL","English")

你可以修改First函数和Last函数做一些有趣的东西,例如做一个不错的欢迎界面,或者每次启动Rstudio的时候自动帮你载入常用的包package。

ubuntu其他一些软件的安装

cmd markdown需要安装gconf2

sudo apt-get install gconf2

下载cmd markdown解压就直接可以使用了。

安装flashplugin

  1. 打开网页:http://get.adobe.com/flashplayer
  2. 选择tar.gz适用于linux,点下载
  3. 双击下载的文件解压
cd ~/下载/flash_player_npapi_linux.x86_64/
sudo cp -r usr/* /usr
sudo cp 下载/flash_player_npapi_linux.x86_64/libflashplayer.so /usr/lib/mozilla/plugins/

打开firefox的Add-ons ManagerPlugins,看到了Shockwave Flash 27.0 r0,说明已经成功加载了flash了。

firefox安装这些addon

切换同步服务器到国内服务器,参考这里:切换同步服务器

安装微信electron

sudo apt-get install npm
sudo apt-get install cnpm
sudo apt-get install git
sudo apt-get install nodejs-legacy
sudo cnpm install -g package --registry=https://registry.npm.taobao.org
git clone https://github.com/geeeeeeeeek/electronic-wechat.git
cd electronic-wechat
npm install && npm start
npm run build:linux